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Jmol
主控台(console)使用說明
load pdb檔
- load “路徑”
路徑 : ahdb從git/ahdb路徑下面開始 ex. load XXXX.pdb moso從git/moso路徑下面開始 ex. load tmp/XXX/XXXX.pdb
其他
Linux server
- 增加使用者建議使用 adduser較useradd為佳 會自動設定目錄 密碼 以及shell(自動複製.bashrc)
- vi /etc/passwd 改使用者剛進去的位置, ex:課堂上的使用者xx 把/home/xx 改成 /home/mlb/xx , 再把home底下的xx資料夾mv 到mlb底下
- 在/home改權限, 讓其他使用者無法在妳的資料夾ls : chmod 711 xx
- 刪除使用者建議使用 deluser 或 userdel -r 可依並刪除目錄
- 將A使用者加入B Group: gpasswd -a A B
- 新增使用者並設定UID GID (為了符合mount 硬碟內資料的權限)
sudo adduser --uid 1011 --gid 1000 --home /homeL/guy --shell /bin/bash
- 新增apt source list
sudo vi /etc/apt/sources.list
- 至NCHC網頁中間部分選擇ubuntu版本
複製(ex.)
deb http://free.nchc.org.tw/ubuntu/ lucid main deb-src http://free.nchc.org.tw/ubuntu/ lucid main
貼上至sources.list最末行，即完成增加更新主機列表的動作
- 改sudo權限的使用者
sudo vi /etc/sudoers
NIS+NFS
client
- HDD / 30G swap 8G /local_home remain
使用者名稱mbi 密碼
-再編輯resolv.conf (應該不用,如果是從終端機就要再這邊設定)
- (9.04)更新語言包 (左上角那邊找一下)
- 更新套件 (進入終端機案crtl+alt+f1),ctrl+alt+f7可以切換回圖形介面
- 設定網路
更新ubnuntu
- 先隨便連一個網路
- apt-get update
- apt-get upgrade
- 重新設定網路,
- ip = 192.168.1.2(01+1)(後面的電腦 如果是merry01)
- mask = 255.255.255.0
- gateway = 192.168.1.1
- dns = 140.116.72.14
- 連到接到merry的區網
- 安裝NIS
- apt-get install portmap nis –> fail 一次裝好protmap(nis nfs的協定) nis
- sudo vi /etc/yp.confg 改ypserver 192.168.1.1
- ypserver merry(不知要步要 ㄏ)
- sudo domainname merry
- sudo make -C /var/yp
- sudo service portmap restart
- sudo /etc/init.d/nis restart (不成功也沒差)
- 重開機, 可以先確定一下vi順不順
-clinet 端 (設在後面的電腦)
以下步驟要確定vi很順，不然會無法重開機且失敗機率很高。如果真的不順就重開機或重灌吧。
- sudo vi /etc/passwd 加上+:::::: (指令'rpcinfo -p [hosts]':rpc 為協定,這個可以看rpc協定打開的port) (sudo vi,通常都是加在檔案的最下面)
- sudo vi /etc/group 加上+:::
- sudo vi /etc/shadow 加上+::::::::
- sudo vi /etc/nsswitch.conf (sudo vi)
- passwd: compat nis
- group: compat nis
- shadow: compat nis
- hosts: (….略) nis
- 在/etc/resolv.conf設nameserver(就是設定dns:140.116.72.14)
- /etc/init.d/portmap restart
- /etc/init.d/nis restart(如果成功很快就OK)
- ypwhich (測試nis是否成功,成功就會出現merry,rpcinfo -p 應該會有ypbind)
- sudo aptitude install openssh-server(裝這個才可以ssh)
-server 端 (設在merry,基本上應該已經設好了,除非電腦真的太多了,才有可能要新增)
vi /etc/ypserv.securenets\\ (加入)host 192.168.1.x (client ip)\\ -make -C /var/yp (如果今天有新增使用者,那個使用者馬上就想要到後面的電腦來用的話,有時候沒有辦法用的情形的話,那這個時候就要執行這個程式看看)\\ *安裝NFS (又跑回client端了!!)\\ apt-get install nfs-common\\ mount -t nfs 192.168.1.1:/home /home \\ *自動掛載/home目錄\\
sudo apt-get install autofs (如此一來重開機才可以看到home)
vi /etc/auto.master
最下面加
/home /etc/auto.home (home 代表home目錄)
vi /etc/auto.home
* 192.168.1.1:/home/& (新增此行)
- clone 到其他台 (如果是複製硬碟之後才要改以下的東西)
- 改host名字
- vi /etc/hostname
- vi /etc/hosts
127.0.1.1 [hosts]
- vi /etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules 將PCI device底下的都刪除
重開 設定網路 (把IP 改成正確的)
- mount -t nfs 192.168.1.1:/home /home
- 開機帳號因為沒有nfs的空間所以無法登入
- vi /etc/auto.master
- banner /home…..
- ubuntu 沒有chkconfig
apt-get install sysv-rc-conf
Apache2
更改www-data使用者
先建立一新使用者www-user, 更改/etc/apache2/envvars, 改成
export APACHE_RUN_USER=www-user export APACHE_RUN_GROUP=www-user
再重開apache2即可
Apache2 基本操作
啟動Apache server
sudo /etc/init.d/apache2 start
停止Apache server
sudo /etc/init.d/apache2 stop
重啟動Apache server
sudo /etc/init.d/apache2 restart
使系統上所有使用者都擁有自己的個人網頁
cd /etc/apache2/mod-enabled/ ln -s ../mods-available/userdir.conf userdir.conf ln -s ../mods-available/userdir.load userdir.load
禁止瀏覽目錄
sudo vim /etc/apache2/sites-avaiable/default
將原指令
<Directory /var/www> Options Indexes FollowSymLinks MultiViews
改成
<Directory /var/www> Options -Indexes FollowSymLinks MultiViews
以及
sudo vim /etc/apache2/mods-available/userdir.conf
<Directory /home/*/public_html> AllowOverride FileInfo AuthConfig Limit </Directory> 改成 <Directory /home/*/public_html> AllowOverride FileInfo AuthConfig Limit AddHandler cgi-script .cgi .pl .php Options MultiViews Indexes SymLinksIfOwnerMatch IncludesNoExec +ExecCGI </Directory>
限制瀏覽
在想要保護的目錄下, 寫一個.htaccess檔, 內容為
AuthName "Hi, there." AuthUserFile [passwd path]/.passwd AuthType Basic require valid-user
創建具瀏覽權限的名單 .passwd
htpasswd -c [passwd path]/.passwd username (第一次建立.passwd) htpasswd [passed path]/.passwd username (新增其它具有權限瀏覽的user)
使位於/home/xx/目錄下使用者可執行CGI
修改userdir.conf
sudo vim /etc/apache2/mods-available/userdir.conf
<Directory /home/*/public_html> AllowOverride FileInfo AuthConfig Limit AddHandler cgi-script .cgi .pl .php Options MultiViews Indexes SymLinksIfOwnerMatch IncludesNoExec +ExecCGI </Directory> 再增加以下區段 <Directory /home/xx/*/public_html> AllowOverride FileInfo AuthConfig Limit AddHandler cgi-script .cgi .pl .php Options MultiViews Indexes SymLinksIfOwnerMatch IncludesNoExec +ExecCGI </Directory>
重開apache即可
sudo /etc/init.d/apache2 restart
Ubuntu 10.04LST PHP bug
修改/etc/apache2/mods-available/php5.conf 將以下部分以#號標記
#<IfModule mod_userdir.c> # <Directory /home/*/public_html> # php_admin_value engine On # </Directory> #</IfModule>
自動轉向do
新增/etc/apache2/sites-available/serv
<Files ~ "^do$">
SetHandler cgi-script
</Files>
Alias /bp/ "/home/dirty/wrk/BP2010/"
<DirectoryMatch ~ "^/home/dirty/wrk/">
Options Indexes
<Limit GET POST>
Allow from all
</Limit>
</DirectoryMatch>
在/etc/apache2/sites-enable/
ln -s /etc/apache2/sites-available/serv .
Blast
- formatdb -i xxx -o T -p T
- blastall -a [cpu] -p blastp -d xxx -i xxx -m 9 > xxx_blast_out
此例為自身比對 - warning
[blastall] WARNING: P62945: Could not calculate ungapped Karlin-Altschul parameters due to an invalid query sequence or its translation. Please verify the query sequence(s) and/or filtering options
====⇒ ignore!! - Ubuntu install:http://packages.ubuntu.com/ro/lucid/i386/blast2/download
add this sentence (deb http://cz.archive.ubuntu.com/ubuntu lucid main universe) to /etc/apt/souces.list
apt-get update apt-cache showpkg blast2 (verify the version of blast2) apt-get install blast2
CPAN
execute cpan
sudo cpan
install perl module (ex. JSON)
cpan> install JSON
type “o conf” and list all configur
cpan> o conf
reset configuration of CPAN (You cna select “no” and configure manually)
cpan> o conf init
write config in config file (don't need config again next time)
cpan> o conf commit
Reset mirror site of CPAN
cpan> o conf urllist shift cpan> o conf urllist push http://ftp.cse.yzu.edu.tw/pub/CPAN/ cpan> o conf urllist cpan> o conf commit
http://sial.org/howto/perl/life-with-cpan/
http://www.cpan.org/SITES.html
install GD module
sudo apt-get install libgd-gd2-perl
Setting vim template
- create a template (ex. ~/.vim_template/template.zz)
- edit .vimrc & add one line:
autocmd BufNewFile *.pl 0r ~\.vim_template/template.zz
Vim Regular Expressions
shell script
Study
CD-HIT
~serv/cdhit/cdhit -i ndbp.fa -o ndbp.40 -c 0.4 -n 2 -T 0
PISCES
建議先cp 至欲使用之目錄
更改捷徑 將bin/blastall blastpgp formatdb 連結至目前版本之執行檔
~serv/PISCES/bin/Cull_for_UserSEQ.pl -i ndbp.40 -p 25 -l 50-6000
(使用方式:README)
若出現 mv …錯誤訊息 不管他 再執行一次
Linux C
Perl
left terms and list operators (leftward)
left ->
nonassoc ++ --
right **
right ! ~ \ and unary + and -
left =~ !~
left * / % x
left + - .
left << >>
nonassoc named unary operators
nonassoc < > <= >= lt gt le ge
nonassoc == != <=> eq ne cmp
left &
left | ^
left &&
left ||
nonassoc .. ...
right ?:
right = += -= *= etc.
left , =>
nonassoc list operators (rightward)
right not
left and
left or xor
未整理
cut -d ':' -f3,6 以分隔字元 :分欄(也可以用regexp) 將3 6欄擷取出
sed '/.+_.+/d' [file] 將file中有NP_xxooxx的行刪掉
my @sortbox =sort {$a→[0] ⇔$b→[0]} @box;
splice 要從array索引值大的開始刪
shell：read （讀取輸入）+ 變數 使用：$變數
sed -n '3p' [file] 從file中取出第三行
awk -f : 以：為分隔
:%s/.*/\U&/ 小寫轉大寫
- merry的更新及cron.daily
sudo apt-get update
sudo apt-get -y dist-upgrade (如果上面尚未更新完全,可以用這個)
至cron.daily可以看如何讓這個更新自動化
sudo apt-get install openssh-server
Ubuntu
-
- 指令:sudo chattr +i /etc/resolv.conf
